Payavard Salamat

fa بررسی هستان شناسی های توسعه یافته مبتنی بر اصول هستان شناسی های منبع باز زیست پزشکی A Study on the Ontologies Developed Based on the Principles of Open Biomedical Ontologies Foundry کتابداری و اطلاع رسانی پزشکی Medical Library & Information Sciences پژوهشی اصيل Original Research <div style="text-align: justify;">زمینه و هدف: هستان شناسی ها در زیست پزشکی کار ادغام، مبادله، جستجو و پرسش از داده ها را آسان میکنند. مخزن هستان شناسی های باز زیست پزشکی(مخزن) یک راهکار برای ایجاد هستان شناسی های مرجع میباشد که در آن طراحی هستان شناسی ها مبتنی بر اصولی است که تعامل آنها را به صورت یک نظام منفرد تبدیل نماید. هدف این مقاله تعیین وضعیت هستان شناسی های توسعه یافته طبق اصول مزبور میباشد. روش بررسی: این پیمایش توصیفی-مقطعی در سال 1396 انجام شد. اطلاعات اجزای اصلی، موضوع، زبان و ابزار ساخت هستان شناسی ها از وب سایت مخزن هستان شناسی باز زیست پزشکی و OntoBee (سرور پیش فرض داده های پیوندی هستانشناسیهای مخزن) بازیابی گردید. فراوانی کلاسها، نمونه ها، روابط شیئی، روابط نوع-داده و روابط ابرداده ای حاشیه نویسی با استفاده از آمار توصیفی، دسته بندی و ارایه گردید. یافته ها: موضوعات اصلی 151 هستان شناسی موجود آناتومی، سلامت و فنوتیپ بود. بیشترین زبان و ابزار ساخت به ترتیب نسخههای OBO و OBO-Edit بودند. 5 درصد هستان شناسی ها بیش از 78977 کلاس، 150 رابطه ی شیئی، 39 رابطه ی نوع-داده، 110 رابطه ی ابرداده ای حاشیه نویسی و 356 نمونه داشتند. نتیجه گیری: افزایش تعداد هستان شناسی های مخزن و استفاده ی بیشتر از زبان OBO و ابزار OBO-Edit حاکی از پذیرش توسعه دهندگان هستان شناسی برای استفاده از این ابزار و زبان برای ساخت هستان شناسی مبتنی بر اصول مخزن است. </div> <div style="text-align: justify;">Background and Aim: Ontologies facilitate data integration, exchange, searching and querying. Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry is a solution for creating reference ontologies. In this foundry, the design of ontologies is based on established principles which allow for their interactions as a single system. The purpose of this study is to determine the main features of ontologies developed based on foundry principles. Materials and Methods: This descriptive cross-sectional study (2017) retrieved data about the ontology components, subject, language and tool from the OBO foundry website, and OntoBee (the default linked data server for the foundry ontologies). The frequency of classes, instances, Object Properties, DataType Properties and Annotation Properties are classified by the use of descriptive statistics. Results: The main subjects of 151 ontologies were Anatomy, Health and Phenotype. Most languages and tools were, respectively, OBO and OBO-edit versions used for the development of ontologies. Five percent of ontologies contained more than 78977 classes, 150 object relations, 39 DataType relations, 110 annotation relations, and 356 instances. Conclusion: Increasing the number of ontologies developed based on OBO foundry principles as well as using OBO language and OBO-Edit is indicative of the fact that ontology developers have accepted the principles and tools. </div> هستان شناسی, هستان شناسی زیست پزشکی, مخزن هستان شناسی های منبع باز زیست پزشکی Ontology, Biomedical Ontology, Foundry of Open Biomedical Ontologies 407 418 http://payavard.tums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-190-18&slc_lang=fa&sid=1 Nader Alishan Karami نادر عالیشان کرمی No PhD Candidate in Knowledge and Information Science, School of Human Sciences, Imam Reza International University, Mashhad, Iran دانشجوی دکتری علم اطلاعات و دانش شناسی، دانشکده علوم انسانی، دانشگاه بین المللی امام رضا (ع)، مشهد، ایران Mohsen Hajizeinalabedini محسن حاجی زین العابدینی m_zabedini@sbu.ac.ir Yes Assistant Professor, Knowledge and Information Science Department ,School of Letters and Human Sciences, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran استادیار گروه علم اطلاعات و دانش شناسی، دانشکده علوم تربیتی و روانشناسی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران Iraj Radad ایرج رداد No Assistant Professor, Knowledge and Information Science Department, School of Human Sciences, Imam Reza International University, Mashhad, Iran استادیار گروه علم اطلاعات و دانش شناسی، دانشکده علوم انسانی، دانشگاه بین المللی امام رضا (ع)، مشهد، ایران Seyed Javad Ghazi Mirsaeed سید جواد قاضی میرسعید No Associate Professor, Medical Library and Information Science Department, School of Allied Medical Sciences, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran دانشیار گروه کتابداری و اطلاع رسانی پزشکی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران