fa شناسایی نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس با استفاده از روش Real Time PCRدر ایزوله های بالینی بهداشت عمومی Public Health پژوهشي Research <strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">زمینه و هدف:</span></span></span></strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;"> طیف بیماری های عفونی ناشی از نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس بسیار گسترده است.افتراق بین گونه ای اعضای جنس نوکاردیا جهت تعیین پیش آگهی، درمان مناسب و بموقع و همچنین مطالعات اپیدمیولوژیک ضروری است. از آن جهت که هر یک از گونه&shy;های نوکاردیا الگوی مقاومت آنتی بیوتیکی خاص خود را دارد، دقت روش تشخیصی در درجه اول اهمیت قرار دارد. نیاز به روش های مولکولی با توجه به مزیت های آشکاری که بر روش های فنوتیپی و بیوشیمیایی دارند برای تشخیص به موقع و دقیق گونه های این کمپلکس کاملا روشن است. در این مطالعه برای اولین بار از </span></span></span><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">روش</span></span></span> <span dir="LTR"><span style="color:windowtext;"><span style="font-size:11.0pt;">Real Time PCR </span></span></span><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">برای افتراق بین گونه ای نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس استفاده شد.</span></span></span><br> <strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">روش کار</span></span></span></strong>: <span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">از مجموع 25 ایزوله بالینی مشکوک به&nbsp; جنس نوکاردیا، 10 تعداد ایزوله با استفاده از روش ها بیوشیمیای و فنوتیپی به عنوان </span></span><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;"> شناسایی شدند</span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">. سپس استخراج </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">DNA</span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;"> از </span></span><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">10 ایزوله مشکوک انجام گرفت</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">. کنترل مثبت هر سه گونه با استفاده از سویه های استاندارد تهیه شد.&nbsp; </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">Real Time PCR</span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;"> برای هر 10 ایزوله انجام شد. در نهایت محصول تکثیر شده گونه&shy;هایی که با </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">Real Time PCR</span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;"> به عنوان </span></span><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس شناسایی شد، </span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">جهت تایید هویت برای </span></span><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">توالی یابی </span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">فرستاده شد. </span></span><br> <strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">نتایج:</span></span></span></strong> <span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">نتایج توالی یابی نشان داد که از بین 10 ایزوله بالینی مشکوک به </span></span><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس</span></span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;"> 3 ایزوله مربوط به نوکاردیا استروئیدس کمپلکس است. 1 گونه نوکاردیا آستروئیدس، 1 گونه نوکاردیا فارسینیکا و 1 گونه نوکاردیانوا یافت شد.</span></span><br> <strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;">نتیجه گیری:</span></span></span></strong><span style="color:windowtext;"><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;"> این مطالعه نشان داد که روش </span></span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:11.0pt;">Real Time PCR</span></span><span style="font-family:b lotus;"><span style="font-size:11.0pt;"> نسبت به روش های فنوتیپی و بیوشیمیایی اختصاصیت&nbsp; و سرعت بیش تری داشته و جهت افتراق بین گونه ای روشی کارآمد محسوب می شود. </span></span> <strong>Background and Aims: </strong><em>Nocardia asteroides</em> complex is the most common cause of infectious diseases due to nocardiosis. Interspecies differentiation of <em>Nocardia</em> genera is essential for prognosis and timely proper treatment, as well as for epidemiological studies. Since each genus has its own antibiotic resistance, precise careful diagnosis is of prime importance. As compared to biochemical and phenotypic methods, the efficacy of molecular methods for fast and accurate identification of <em>Nocardia</em> species has been proven. The aim of this study was to detect for the first time <em>Nocardia asteroides</em> complex in clinical isolates using real time polymerase chain reaction (Real-Time PCR).<br> <strong>Materials and Methods:</strong> Out of the 25 clinical isolates suspected to be <em>Nocardia asteroides</em> genus 10 were identified as <em>Nocardia asteroids </em>complex by biochemical and phenotypic methods, followed by genomic DNA extraction of the suspicious isolates. <em>Nocardia asteroides</em> complex positive controls were prepared using standard strains. Real-time PCR was conducted on all the 10 suspicious isolates. The final real-time PCR samples were sent for sequencing to verify the identified species.<br> <strong>Results: </strong>Based on sequencing results 3 of 10 clinical isolates suspected to be identified as <em>Nocardia asteroides</em> complex were confirmed as belonging to the <em>Nocardia asteroids</em> complex genera ─ <em>Nocardia asteroids, Nocardia</em> <em>farcinica,</em> and <em>Nocardia</em> <em>nova<span dir="RTL">.</span></em><br> <strong>Conclusion:</strong> This study shows that, as compared to biochemical and phenotypic methods, real-time polymerase chain reaction is faster and more specific, and is considered as an efficient method, for <em>Nocardia</em> interspecies identification and differentiation. نوکاردیا آستروئیدس کمپلکس, Real Time PCR, ایزوله های بالینی Nocardia Asteroides Complex, Real Time PCR, Clinical Isolates 257 268 http://sjsph.tums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-111-5&slc_lang=fa&sid=1 Negin Bolourchi نگین بلورچی No MSc. Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran کارشناس ارشد،گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران Elham Ebrahimi الهام ابراهیمی No PhD. Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran دکترای تخصصی، گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران Jalil Falah جلیل فلاح No PhD. Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran دانشجوی دوره دکتری، گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران Ali Javadi علی جوادی No PhD. Student, Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran دانشجوی دوره دکتری، گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران Seyed Saeid Eshraghi سید سعید اشراقی eshraghs@tums.ac.ir Yes PhD. Department of Pathobiology, School of Public Health, Tehran University of Medical Sciences, Tehran, Iran استاد، گروه پاتوبیولوژی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران