3 نتیجه برای داکینگ
سعیده رهنما، عزیزه اسدزاده، فاطمه حیدریان،
دوره 18، شماره 1 - ( 10-1397 )
چکیده
مقدمه: مهارکننده‌های α-گلوکوزیداز با مداخله در هضم کربوهیدرات‌ها در کنترل بیماری دیابت نقش دارند. Thymus vulgaris یا آویشن باغی گیاهی از خانواده‌ی نعناعیان می‌باشد. اسانس این گیاه دارای فنل‌هایی مثل تیمول، کارواکرول، سیمن، لینا لول، پینن می‌باشد. هدف از این مطالعه، بررسی اثر مهار کنندگی مشتقات موجود در عصاره‌ی آویشن باغی بر فعالیت آنزیم α-گلوکوزیداز به روش داکینگ مولکولی می‌باشد.
روش‌ها: در این مطالعه، برای بررسی نحوه‌ی اتصال ترکیبات به جایگاه فعال آنزیم، ترسیم ساختار شیمیایی ترکیبات، بهینه‌سازی انرژی، مطالعات داکینگ و تجزیه و تحلیل‌های نهایی به‌ترتیب از نرم‌افزارهایChemDraw ، Hyperchem، AutoDockTools، DS Visualizer و Lig plot استفاده شد.
یافته‌ها: تمامی ترکیبات مورد مطالعه قادر به اشغال جایگاه فعال آنزیم بودند که در میان تمام آنها، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیب Caryophlla-4-(12), 8(13)-dien-5-β-ol است. در حقیقت این ترکیب دارای منفی‌ترین سطح انرژی اتصال، بالاترین تمایل برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم و محل برهمکنش مشابه با مولکول کوکریستال است.
نتیجه‌گیری: با توجه به اثر بخشی نسبتاً بالای ترکیبات عصاره‌ی گیاه در مطالعه‌ی بیوانفورماتیکی، برای بررسی‌های تکمیلی می‌توان اثر این ترکیبات گیاهی را در شرایط in vitro و in vivo مورد آنالیز قرار داد.
مرتضی صادقی، مهران میراولیایی،
دوره 20، شماره 3 - ( 12-1399 )
چکیده
مقدمه: دیابت یک سندرم متابولیکی است که با افزایش قند خون مشخص می‌شود. آنزیم‌های آلفاگلوگوزیداز که در میان پرزهای روده کوچک قرار دارند مسؤول هیدرولیز کربوهیدرات‌ها هستند. هدف این تحقیق ارزیابی بیوانفورماتیک ترکیبات فعال گیاه شنبلیله در سرکوب آنزیم آلفاگلوکوزیداز است.
روش‌ها: این پژوهش به روش توصیفی- تحلیلی صورت گرفت. بدین منظور، ابتدا مهم‌ترین ترکیبات جداشده‌ی شنبلیله از پایگاه داده‌ای PubChem دانلود شدند و سپس فایل مربوط به آنزیم آلفاگلوکوزیداز از پایگاه PDB دریافت شد. کلاس سمیت ترکیبات و قوانین لیپینسکی ترتیب توسط Toxtree & Protox II و سرور Swiss ADME پیش‌بینی شدند. در پایان، داکینگ مولکولی و برهمکنش آنزیم با ترکیبات موجود در شنبلیله توسط AutoDock Tools 1.5.6 و Molegro Virtual Docker 6.0 صورت گرفت. هم‌چنین آنالیز نتایج مربوط به اینتراکشن‌ها با دو نرم‌افزار Discovery Studio 3.5 و Ligplot 2.1 صورت گرفت.
یافته‌ها: نتایج مشخص کرد که همه ترکیبات انتخاب شده در شنبلیله با پیروی از قانون لیپینسکی، انرژی اتصال مناسب و نداشتن سمیت گزینه‌های مناسبی در مهار آنزیم آلفاگلوکوزیداز هستند. اما از میان این ترکیبات، ترکیب Vitexin با 8/4- کیلوکالری بر مول کم‌ترین انرژی اتصال و بیش‌ترین اثر مهاری را بر آنزیم آلفاگلوکوزیداز داشت. این ترکیب هم‌چنین انرژی اتصال منفی‌تری نسبت به مهارکننده استاندارد (ووگلیبوز) داشتند.
نتیجه‌گیری: از نتایج این پژوهش می‌توان نتیجه گرفت که از میان مهم‌ترین ترکیبات موجود در شنبلیله، ترکیب Vitexin به‌دلیل ایجاد برهمکنش هیدروژنی و هیدروفوبی بیش‌تر با آمینواسیدهای جایگاه فعال آنزیم آلفاگلوکوزیداز، مهارکننده قوی‌تری محسوب می‌شود.
معصومه شجاعی برجوئی، سمیه نوروزی، پارسا برنوس، کیمیا مختاری، عزیزه اسدزاده،
دوره 22، شماره 3 - ( 6-1401 )
چکیده
مقدمه: دیابت ملیتوس به گروهی از اختلالات متابولیکی اطلاق می‌شود که با افزایش سطح خونی گلوکز به‌علت اختلال در ترشح انسولین، عملکرد انسولین یا هر دو همراه است. با توجه به این که آلفاگلوکوزیداز یک آنزیم کلیدی در هیدرولیز کربوهیدرات‌ها و افزایش سطح قند خون است. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار آنزیم آلفاگلوکوزیداز به‌وسیله‌ی ترکیبات اصلی گیاه مریم گلی است.
روش‌ها: این پژوهش به روش توصیفی –تحلیلی صورت گرفت. جهت مطالعه‌ی نحوه‌ی برهم کنش و میزان انرژی اتصال ترکیبات در جایگاه فعال آنزیم، ساختار سه بعدی ترکیبات و پروتئین مورد بررسی به‌ترتیب از پایگاه‌هایPubChem وPDB به‌دست آمد. پس از بهینه‌سازی انرژی توسط نرم‌افزار Hyperchem، مطالعات داکینگ به‌وسیله‌ی نرم‌افزار AutoDock 4.2 انجام گرفت و برای به‌دست آوردن پارامترهای لیپینسکی و خصوصیات فیزیکی و شیمیایی ترکیبات از سرورSwiss ADME استفاده شد.
یافته‌ها: ترکیبات مورد مطالعه از نظر انرژی اتصال و نحوه‌ی برهمکنش مشابه با دو ترکیب کنترل مثبت وگلیبوز و میگلیتول بودند، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیب کامفور است. در حقیقت این ترکیب با منفی‌ترین سطح انرژی اتصال (Kcal/mol 95/3-) تمایل بیشتری برای اتصال به آمینواسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم آلفاگلوکوزیداز دارد.
نتیجه گیری: با توجه به برهم‌کنش‌ها‌ی مناسب ترکیبات مریم گلی با آنزیم می‌توان پس از تأیید نتایج در شرایط برون تنی و درون تنی از این گیاه به‌عنوان یک کاندید مناسب دارویی در درمان دیابت استفاده کرد.
