کلرهگزیدین به خوبی به مخاط دهان و پلیکل دندانی متصل می گردد و به سختی از دستگاه گوارش جذب می شود؛ اما در غلظتهای بالا به حدی از دستگاه گوارش جذب می شود که منجر به نکروز کبد می گردد. در این مورد، یک دانشجوی دندانپزشکی به طور تصادفی یک جرعه محلول کلرهگزیدین گلوکونات 20% را نوشید. اقدامات درمانی در این مورد عبارت بود از: شستشوی دهان با مقادیر فراوان خمیر دندان، نوشیدن شربت آلژینات 5% و بلعیدن 5 گرم قطعات خرد شده چوب پنبه. عوارض جانبی شامل سردرد، سرگیجه، تاری خفیف دید، سرخوشی، دل درد، دل پیچه و از دست دادن کامل حس چشایی به مدت 8 ساعت و بازگشت تدریجی آن طی 48 ساعت بود. با توجه به جذب ناچیز و سمیت خفیف و غلظت پایین فرم رایج دهان شویه، بعید به نظر می رسد بلع چند جرعه از این محلول منجر به سمیت سیستمیک گردد و در نهایت ممکن است منجر به گاستریت شود. در موارد مشابه می توان از اقدامات درمانی شامل نوشیدن آب معدنی، شربت کائولین، کتیرا، بی کربنات ها مانند جوش شیرین، کربونات ها مانند نوشابه های گازدار، سیترات مانند جوهر لیمو، کلرایدها مانند آب نمک و ... بهره جست.
