کلرهگزيدين به خوبی به مخاط دهان و پليکل دندانی متصل می گردد و به سختی از دستگاه گوارش جذب می شود؛ اما در غلظتهای بالا به حدی از دستگاه گوارش جذب می شود که منجر به نکروز کبد می گردد. در اين مورد، يک دانشجوی دندانپزشکی به طور تصادفی يک جرعه محلول کلرهگزيدين گلوکونات 20% را نوشيد. اقدامات درمانی در اين مورد عبارت بود از: شستشوی دهان با مقادير فراوان خمير دندان، نوشيدن شربت آلژينات 5% و بلعيدن 5 گرم قطعات خرد شده چوب پنبه. عوارض جانبی شامل سردرد، سرگيجه، تاری خفيف ديد، سرخوشی، دل درد، دل پيچه و از دست دادن کامل حس چشايی به مدت 8 ساعت و بازگشت تدريجی آن طی 48 ساعت بود. با توجه به جذب ناچيز و سميت خفيف و غلظت پايين فرم رايج دهان شويه، بعيد به نظر می رسد بلع چند جرعه از اين محلول منجر به سميت سيستميک گردد و در نهايت ممکن است منجر به گاستريت شود. در موارد مشابه می توان از اقدامات درمانی شامل نوشيدن آب معدنی، شربت کائولين، کتيرا، بی کربنات ها مانند جوش شيرين، کربونات ها مانند نوشابه های گازدار، سيترات مانند جوهر ليمو، کلرايدها مانند آب نمک و ... بهره جست.