به دنبال سنتز مصنوعی DNA سه رشته ای (تريپلکس) در سال 1957 و مدتی بی توجهی به آن، دوباره و بطور مشخص از سال 1987 به بعد اهميت ساختاری و عملکردی آن در سيستم های حياتی و کاربردهای پزشکی آن به طور جدی مورد توجه قرار گرفته است. ايجاد پيوندهای هيدروژنی بين جفت بازهای DNA و باز سوم و تشکيل تريپلت ها، امکان تشکيل DNA سه رشته ای را فراهم آورده است. تريپلکس ها را برحسب اينکه رشته سوم نسبت به رشته مشابهش در DNA دو رشته ای در چه جهتی قرار گرفته باشد به دو دسته موازی و موازی ناهمسو تقسيم بندی می کنند. پايداری تريپلکس موازی ناهمسو بيش از پايداری تريپلکس موازی است. DNA سه رشته ای به طور معمول توسط رديف های پلی پورين-پلی پيريميدين تشکيل می شود. اين رديفها با شرکت در ساختارهای سه رشته ای می توانند حرکات چنگال همانندسازی را متوقف ساخته و به اين ترتيب همانندسازی DNA را کنترل نمايند. علاوه بر اين، تشکيل تريپلکس می تواند از اتصال عامل نسخه برداری SP1 به پروموتر ژنها جلوگيری کرده و رونويسی آنها را مختل سازد چنانچه عمل نسخه برداری آنکوژن ras را به همين طريق متوقف می کند. تشکيل تريپلکس می تواند از نسخه برداری ژنهای ويروس HIV-1 نيز در سلولهای آلوده جلوگيری کند. بنابراين، از آنجا که DNA تريپلکس قادر است به صورت انتخابی روی يک ژن مشخص عمل کند، می تواند به عنوان يک ابزار مولکولی دقيق برای مقابله با برخی بيماريهای خطرناک مانند ايدز به کار رود. در سطح مولکولی، پژوهش بر روی خواص درمانی و کاربردهای پزشکی مولکول DNA سه رشته ای به سرعت در حال انجام است و انتظار می رود که در آينده نزديک به نتايج پرثمری منجر گرديده و بر وسعت کاربردهای پزشکی اين مولکول افزوده شود.